上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已呈现出丰富的生物技术抗逆性，比如抗肿癌和抵抗毒帮助。经常，三萜是经过甲羟戊酸前提条件人工的，并从天然树种树种和白色念珠菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文章了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述方案论文范文。该论述方案出现三萜类类化合物野生野生灵芝酸（GA）是可以通过介质培植的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物技艺转成有的。凭借转录组和核苷酸质组学技艺进步宇宙探索无柄野生虫草菌丝体中DHT有2种野生虫草酸（GA）的机制化，并跟据两组学技艺查测到的相互影响人类基因和相互影响核苷酸，猜测DHT 菌物技艺制成 GA 的方式。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功能表划分类别

确认对无柄野生灵芝病菌菌丝体开始转录组测序共取得67230个转录本和14295个单DNA组。在以上单DNA组中，49俩被亲子鉴定为距离传达DNA组（DEGs），表中213个传达上涨，279个传达下降（图1A）。GO聚集进行定性分析后，DEGs分类生物工程流程（BP）、受损上皮细胞有效成分（CC）和氧分子职能（MF）3类。在BP专业分类中，有了前三种子专业分类：抗生素类转化消化吸收流程，醋酸钠盐消化吸收流程和甲酸盐消化吸收流程;而在CC专业分类中，受损上皮细胞外区、突触pp体、突触架构是前三种亚类。我们对MF专业分类，甲酸脱氢酶（NAD）活力酶类、腐蚀还原成酶活力酶类和酸氨（或酰胺）连结酶活力酶类是前三种亚专业分类（图1B）。在DEGs的KEGG手机信号通道进行定性分析中，前30条聚集度高达的手机信号通道有27条归属于消化吸收，表中二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收手机信号手机信号通道有明显聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和功用分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

完成对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体展开核血清组学降钙素原检测讲解，共设判断了16,457种独具特色肽、2606种核血清和2588种降钙素原检测核血清。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的建立状况下，在这儿2606种核血清中，94种被技术鉴定为差别形容核血清（DEPs），在这当中52种调整，42种下跌（图2A），图2C表示了差别形容核血清的聚类讲解降钙素原检测讲解热图。从GO降钙素原检测讲解而言，BP门类表示，部分数DEPs参加乙酸盐新陈基础分解转化转化步骤、抗生素类拆解新陈基础分解转化转化步骤和食用的药物拆解新陈基础分解转化转化步骤。CC类DEPs在体神经元外区、过腐蚀反应物酶体和微体中占有率较高，腐蚀反应替换酶抗逆性和甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性在MF类中DEPs的正比较高（图2B）。与转录组没想到相近，KEGG网络信号信号通路降钙素原检测讲解表示，众多DEPs在新陈基础分解转化转化中聚集，在这当中3条最聚集的途经是光合动物中的碳固定好、碳新陈基础分解转化转化和MAPK网络信号网络信号信号通路（图2D）。显然，完成降钙素原检测讲解GO数据报告库的CC对DEPs展开亚体神经元导航定位降钙素原检测讲解和参考文献标注（图2E），DEPs最主要的地理分布在体神经元质（40.66%）、体神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），本体论上是GAs动物合成图片的最主要的地方。

图2|血清质组的定量深入分析深入分析和作用确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物图片转换和比较组获选DEGs和DEPs拍摄了维恩图，有20个差距传达方式DNA（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组各有的DEGs/DEPs参与聚类剖析法剖析，发觉mRNA和蛋清质范围内有14个上涨DNA和4个调低DNA，DEGs和他翻译英语的DEPs传达方式平行呈正想关，应用于Pearson的想关标准值剖析，在转录组和蛋清质组范围内检侧到相对而言较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测结论信息显示，E组和C组13个DEGs的表现层次区别取得，但其中9个为调涨DEGs，5个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现上升趋势与转录多组分析结论相符。

图3|蛋白酶质组的降钙素原检测解析和功能键验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）