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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿整体最经常有的问题在其中之一。肾聚集中CaOx晶状体过趋于稳定磨合会促使肾小管上皮细胞拉伤和凋亡,得以促使肾结石的进行。短链脂肪酸酸酸由消化道内生物滤池菌堆肥膳食结构玻璃纤维呈现,实际上在部位消化道深层中推动目的,特别在整体关卡上也推动主要目的。在其中,丁酸是最大量的短链脂肪酸酸酸,兼备消除炎症和免疫系统促使目的,本学习浅析丁酸对CaOx肾结石的目的简答不确定靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山的医院泌尿普外吴忠先生、周子健搏士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教援、周子健硕士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱海洋生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网格药学学精准服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

好的文章英文名称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 客服政府部门:华山医院专家 学习喜欢的人:大鼠、HK-2组织 分组名称短信:对比组(Con)、模式组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱给予技術:线上药剂学学查测

策略操作步骤

研究分析但是

探析分析拜谱生物第一方面构造 大鼠三维模形,根据身理生物化学指標和阻止病理学学着色等探析分析伎俩会发现丁酸不错减小CaOx三维模形大鼠肾CaOx单晶体的演变成和破损,提高CaOx三维模形大鼠的发炎破损和硫化东西的过快展示。前者,丁酸还可有抑制草酸诱骗的HK-2生殖血细胞破损、硫化应激性和生殖血细胞凋亡。 为探求丁酸空间结构设计和靶染色体遗传网格,的研究人工从PubChem收集丁酸和丁酸酯的二维和3d空间结构设计(图1A)。使用PharmMapper参数库和Uniprot参数库治理后共选择出114个丁酸靶染色体遗传供进1步具体探讨。将染色体遗传基本信息导出来STRING参数库,使用PPI网格具体探讨。Cytoscape已给出了排顺的前20的核心靶染色体遗传的基本网格图,与CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。此类核心染色体遗传与网格中的另一染色体遗传均特征出需要的涉及到的联性,说明书怎么写此类染色体遗传也许 会引领着联合角色。GO和KEGG具体探讨揭露了丁酸核心染色体遗传的涉及到的联途经和海洋生命科学功用(图1C)。核心染色体遗传常见与类固醇雄激素药对答、被防氧化应激反应迟钝影响对答、抗逆性氧细胞系对类固醇雄激素药激起的影响与对弱酸性普通机械产品的影响关与。上述讲到归结,此类核心染色体遗传常见陆续参与了被防氧化应激反应迟钝影响和对抗逆性氧的海洋生物工程影响过程中,是肾结石演变成工作机制中至关最主要的途经,这揭示丁酸也许 会在肾结石中引领最主要角色。

图1| 丁酸节构与靶dna在线具体分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进十步经历丁酸对CaOx肾结石真实切靶人类人类人类人类表观遗传,科研员工经过GEO数据分析源库对GSE73680中正常剖析与CaOx肾结石病人的人类人类人类人类表观遗传之间的关系实现了科研。剖析组与CaOx结石病人的差异性性之间的关系形容人类人类人类人类表观遗传(DEGs)检测标淮为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共淘汰到3783个人类人类人类人类表观遗传突发差异性的变化,在这其中3379个(89.4%)人类人类人类人类表观遗传形容调整,404个(10.6%)人类人类人类人类表观遗传形容下降(图2A)。对DEGs实现聚类分析法解析法解析,热图界面显示了前10个被选中DEGs的二维层次聚类分析法解析法基本特征(图2B)。自后,科研员工经过GeneCards数据分析源库人工客服鉴别了370个概率与CaOx肾结石相应的的人类人类人类人类表观遗传,名列前20位的分析预测人类人类人类人类表观遗传及相应的性打分如2C图示。为了更好地找自己丁酸疗法CaOx肾结石的重要性靶点,科研员工将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应的人类人类人类人类表观遗传使用处理赢得了个Venn图。之后,CYP2C9被判断为丁酸决定CaOx肾结石的潜在性靶点(图2D)。显然,科研员工还实现了丁酸与CYP2C9的原子核交接,CYP2C9的四个酪氨酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸彼此之间效用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在充分利用网洛药剂学学預测CYP2C9是丁酸决定CaOx肾结石的靶dna后,调查成员还借助人体细胞核实验性查证了CYP2C9可较低草酸帮助的HK-2人体细胞核的ROS水平方向、炎症病变神经损伤和凋亡。

图2| 大部分据库联和定性分析预计CYP2C9是丁酸效果于CaOx肾结石的靶DNA

实验数据

本进行实验要看到丁酸在身体和胃中均能可减弱CaOx肾结石仿真模型的被氧化物应激反应状态和支原体感染挫裂伤,马上又借助网临床临床药理学筛分获得丁酸的影响CaOx肾结石的潜在的靶点——CYP2C9,结尾借助体血细胞进行实验确认CYP2C9在草酸盐介导的HK-2体血细胞ROS水准、支原体感染挫裂伤和凋亡。这种看到表达丁酸概率借助可减弱CYP2C9来可减弱CaOx肾结石的被氧化物应激反应状态,缓解支原体感染挫裂伤。此时中拜谱海洋生物工程可以提供了网临床临床药理学科技产品的,前者拜谱海洋生物工程可提高了成孰健全的什么是基因组学、蛋白质含量质组学、分解代谢组学等两组学产品的及科技产品的,热烈欢迎转达管理咨询! 关联性专著:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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